Mathisen har tidligere vært direktør for statsstøtte og konkurranserett i ESA og har erfaring fra både EU-kommisjonen og EFTA-domstolen. Som medlem av ESAs juridiske tjeneste representerte han ESA i omlag 30 saker for EFTA-domstolen, EU-domstolen og Underretten i Luxembourg. Mathisen er oppnevnt som settedommer for EFTA-domstolen.